De François Vatelschool is georganiseerd in afdelingen, die onder leiding staan van afdelingsleiders. Voor elke jaarlaag is een jaarlaagcoördinator benoemd die de dagelijkse gang van zaken coördineert.  Elke leerling heeft een mentor. Deze vormt voor leerlingen en ouders het eerste aanspreekpunt. De jaarlaagcoordinator werkt intensief samen met de mentoren en kan, indien nodig, als contactpersoon fungeren tussen de ouders en de mentor.

Het hoofd OOP (Onderwijs Ondersteunend Personeel) is verantwoordelijk voor het beheer van het gebouw en de organisatie van het werk van het ondersteunend personeel. De directeur is eindverantwoordelijk.  Organisatiestructuur in een organigram:klik hier.